Daueraustellung
1.FOUCAULT-PENDEL
2.BEWALDETEN PARK
3.SYSTÈME
4./5.JURAGARTEN
6.AUSBREITUNG GEWÄCHSHAUS
7.GEWÄCHSHAUS FLEISCHFRESSENDE PFLANZEN UND FARNE
8.GEWÄCHSHAUS ORCHIDEEN UND BROMELIEN
9.GEWÄCHSHAUS SUKKULENTEN (KAKTEEN UND SUKKULENTEN)
10.GROSSE TROPENHAU
11.KLEINE TROPENHAUS
12.GEWÄCHSHAUS MITTELMEER
13.VERSCHIEDENE PLANTAGEN
14.ARBORETUM
15.GARTEN DES MUSEUMS
Der botanische Garten zählt jährlich mehr als 15’000 Besucher. Er besteht aus sieben thematischen Gewächshäusern im Osten, und einem Park mit Bäumen im Süden. Im Norden ist zwischen den Gebäuden der Kantonsschule und der Jesuitenkirche ein Blumen- und Kräutergarten angelegt. Auf der anderen Seite der Kirche befindet sich der jurassische Garten. Dort kann man rund ein Viertel der typischen Flora des Juras wiederfinden. Beim westlichen Eingang wird der botanische Garten von einer speziellen Installation begrenzt: einem Foucaultschen Pendel.
Der Aussengarten beherbergt verschiedene Bereiche, darunter u. a. einen Baumpark mit grossen, hundertjährigen Bäumen, eine Sammlung von über 80 Rosen- und 180 Irisarten sowie den jurassischen Garten mit rund 800 heimischen Pflanzenarten.
Die unterschiedlichen Pflanzen in den 1961 erbauten Gewächshäusern bieten dem Besucher ein kontrastreiches Erlebnis. Einige dieser Sammlungen – beispielsweise die Kakteen und Tillandsien – sind Referenzobjekte. Gleichzeitig sind sie eine grossartige Forschungsstätte für die Vermehrung der Pflanzen und umfassen daher eine bedeutende Samenbank, die mit botanischen Gärten auf der ganzen Welt getauscht wird (Index seminum).
Der Botanische Garten umschliesst das Museum. In diesem Bereich werden alte Obstbaumarten der Ajoie in einem Arboretum kultiviert.